1478年，西班牙成立了宗教裁判所，训练有素的多明我会修士受教宗之命主持着宗教裁判所，组织审判各种异教徒，其中包括改信天主教的摩尔人（morisco）
与犹太人（conversos）。1492年费迪南和伊莎贝拉发布著名训令，要求犹太人皈依天主教或4个月内离开西班牙，此后约有20万犹太人离开了西班牙。1502年卡斯蒂亚王国要求穆斯林要么改宗要么离开，大部分穆斯林选择了改宗，于是形成了一个摩尔人阶层。然而，天主教对那些虽然改宗但不积极从事圣事的摩尔人与犹太人的宗教取向发生怀疑，用宗教审判的方式清洗这些伪装的“异教徒”。此后一直到 17世纪，这种宗教净化事件仍不时发生。与西班牙本土的这种宗教净化运动相反，哈布斯堡王朝时期西班牙获得的荷兰属地，则成为宗教宽容与文化多元的自由世界。这里居住着大量犹太人（包括被西班牙本土驱逐出来的犹太人）、新教徒以及大量移民，荷兰成了当时海上贸易、加工与金融中心，成为生活上富饶的乐土，信仰上的新耶路撒冷，是北方画派与早期启蒙思想的中心，17世纪的三大思想家笛卡尔、斯宾诺莎、洛克的思想都与这里的生活岁月密切相关。在与西班牙长达80年的抗争之后，1648年，随着三十年战争的结束，荷兰共和国的独立地位得到了确认，而西班牙则一直自视为天主教的国际捍卫者、神圣罗马帝国的继承人，为了捍卫天主教信仰而付出了沉重代价，镇压尼德兰起义、无敌舰队溃败、卷入三十年战争等一系列不幸事件终于导致西班牙帝国衰弱了。
　　西班牙依靠天主教的政治动员而崛起，同样因为捍卫天主教的信仰而衰弱。20世纪历史学研究表明，西班牙的宗教裁判所并不像人们想象的那么黑暗，那种暴力、血腥甚至变态的宗教迫害，许多是新教对天主教妖魔化的结果。但是历史教训表明，一种信仰纯洁主义的文化在现实中很容易导致文化褊狭与不宽容，必然阻碍西班牙内部的文化融合、社会团结，也导致对外政策上心有余而力不足，最终导致经济衰萎、军事失利、政治受挫与帝国瓦解，试图以天主教统一欧洲的帝国理想最后破灭。
　　一个帝国的崛起，没有强大的主导文化支撑是不可能的，但是一种文化纯洁主义也可能葬送一个帝国。