1478年，西班牙成立了宗教裁判所，訓練有素的多明我會修士受教宗之命主持著宗教裁判所，組織審判各種異教徒，其中包括改信天主教的摩爾人（morisco）
與猶太人（conversos）。1492年費迪南和伊莎貝拉發布著名訓令，要求猶太人皈依天主教或4個月內離開西班牙，此后約有20萬猶太人離開了西班牙。1502年卡斯蒂亞王國要求穆斯林要麼改宗要麼離開，大部分穆斯林選擇了改宗，於是形成了一個摩爾人階層。然而，天主教對那些雖然改宗但不積極從事聖事的摩爾人與猶太人的宗教取向發生懷疑，用宗教審判的方式清洗這些偽裝的“異教徒”。此后一直到 17世紀，這種宗教淨化事件仍不時發生。與西班牙本土的這種宗教淨化運動相反，哈布斯堡王朝時期西班牙獲得的荷蘭屬地，則成為宗教寬容與文化多元的自由世界。這裡居住著大量猶太人（包括被西班牙本土驅逐出來的猶太人）、新教徒以及大量移民，荷蘭成了當時海上貿易、加工與金融中心，成為生活上富饒的樂土，信仰上的新耶路撒冷，是北方畫派與早期啟蒙思想的中心，17世紀的三大思想家笛卡爾、斯賓諾莎、洛克的思想都與這裡的生活歲月密切相關。在與西班牙長達80年的抗爭之后，1648年，隨著三十年戰爭的結束，荷蘭共和國的獨立地位得到了確認，而西班牙則一直自視為天主教的國際捍衛者、神聖羅馬帝國的繼承人，為了捍衛天主教信仰而付出了沉重代價，鎮壓尼德蘭起義、無敵艦隊潰敗、卷入三十年戰爭等一系列不幸事件終於導致西班牙帝國衰弱了。
　　西班牙依靠天主教的政治動員而崛起，同樣因為捍衛天主教的信仰而衰弱。20世紀歷史學研究表明，西班牙的宗教裁判所並不像人們想象的那麼黑暗，那種暴力、血腥甚至變態的宗教迫害，許多是新教對天主教妖魔化的結果。但是歷史教訓表明，一種信仰純潔主義的文化在現實中很容易導致文化褊狹與不寬容，必然阻礙西班牙內部的文化融合、社會團結，也導致對外政策上心有余而力不足，最終導致經濟衰萎、軍事失利、政治受挫與帝國瓦解，試圖以天主教統一歐洲的帝國理想最后破滅。
　　一個帝國的崛起，沒有強大的主導文化支撐是不可能的，但是一種文化純潔主義也可能葬送一個帝國。