馬歇爾認為，馬伯裡等人所賴以提出訴訟的《1789年司法法》第13條與美國憲法相悖。因為憲法中宣稱：“在一切有關大使、公使、領事以及以一州為當事人的案件中，最高法院有初審權。在所有其他案件中，最高法院有上訴審理權。”而“馬伯裡訴麥迪遜案”屬於憲法所規定的“其他案件”，因此最高法院對之隻有上訴審理權，憲法並沒授予最高法院初審權，也就是說這個案子不屬於最高法院的管轄范圍。這正好與國會頒布的《1789年司法法》規定的“聯邦最高法院有權對合眾國公職人員發布職務執行令”相抵觸。到底該堅持馬伯裡等人賴以提出訴求的法律還是堅持憲法？對這個問題的司法解釋權力當屬司法部門的范疇和職責，也就是使用任何一條法律的人必須把這條法律解釋清楚。如果兩條法律相抵觸，法院必須做出裁決，這是法院的職責。
　　美國憲法代表了全體美國人民的意志，立法者和公民都必須遵守。美國人認為法官有權依據憲法而不是依據法律對公民進行判決，即美國人允許法官不使用在他看來違憲的法律。對此，馬歇爾明確指出，與憲法相抵觸的立法機關法案是無效的，並且不存在其他選擇，憲法要麼至高無上，要麼等同於普通立法。在法庭上，馬歇爾重申了就職時的宣誓誓言：“我謹庄嚴宣誓，我將執行法律，不因人而異，窮人和富人一視同仁﹔我將盡我最大的能力和最好的理解遵照合眾國的憲法和法律，忠實和公正地履行我必須履行的全部職責。”最終宣判，“與憲法相悖的法律是無效的，法院和其他部門均受憲法約束”，駁回原告馬伯裡的訴求，《1789年司法法》第13條因為違憲而被取消。
　　轟動一時的“馬伯裡訴麥迪遜案”終於以國會立法違憲而宣告結束。馬歇爾的判決既表現出司法部門的獨有權威，又避免與國會直接沖突，同時強調了司法部門具有對國會立法的司法解釋權、裁定政府行為和國會立法行為是否違憲的權力。該案不僅提高了聯邦最高法院的司法權威和地位，也為美國三權分立、互相制衡原則奠定了基石，成為美國司法史上的重要裡程碑，標志著美國違憲審查制度的建立，被譽為“世界憲政第一案”。該案使司法解釋權成為最高法院的職責和權力范疇，且逐漸將違憲審查權運用到審查各州的立法。同時，這個訴訟案真實地反映出，當時雖然根據1787年憲法確立了三權分立的政治原則和制度構架，但是在此案之前並未在實踐中得以實現。正是此案的發生和最終判決意味著美國權力體系的重大調整，聯邦最高法院從此獲得了能夠與立法權和行政權制衡與分立的地位。在今天美國聯邦最高法院院史博物館中，約翰?馬歇爾大法官的全身銅像以及大法官專用餐廳牆壁上懸挂的馬伯裡和麥迪遜畫像，仿佛每天在提醒各位大法官：若不是當年馬歇爾大法官在“馬伯裡訴麥迪遜案”中令人稱奇的絕妙判決，恐怕就不會有今天聯邦最高法院至高無上的權威。