村庄整治是觸動農村生產方式、生活方式和社會結構的歷史性變革，是農村空間布局的重新調整，農村山河的再造。讓農民遷離世代居住的家園和改變長期形成的生活方式，必須順應經濟社會發展規律和尊重農民的意願，警惕用搞運動的方式出現新一輪剝奪農民土地的傾向，不能剝奪農民作為用益物權人對承包地和宅基地依法享有的財產權利，違背農民意願搞大拆大建。

農民的農地轉為非農建設用地的過程中，關鍵是農民在獲取補償之后，在整個土地的增值過程中產生的淨收益(剩余)中，農民應該獲得屬於他們的份額。農民得到土地開發淨收益的剩余索取權，就能獲得一種長久的可持續的發展能力。應探索農民能動地參與土地資本化進程，建立政府、社會資本和農民集體共同開發、合作共贏的機制。在符合規劃的前提下，農民可以自主經營建設用地，或與開發商合作，政府征收地產稅或物業稅，以稅收來調節收入分配。在土地開發和補償成本越來越高，土地出讓金的純收益比例不斷下降的情況下，這是一種可行的選擇。