村庄整治是触动农村生产方式、生活方式和社会结构的历史性变革，是农村空间布局的重新调整，农村山河的再造。让农民迁离世代居住的家园和改变长期形成的生活方式，必须顺应经济社会发展规律和尊重农民的意愿，警惕用搞运动的方式出现新一轮剥夺农民土地的倾向，不能剥夺农民作为用益物权人对承包地和宅基地依法享有的财产权利，违背农民意愿搞大拆大建。

农民的农地转为非农建设用地的过程中，关键是农民在获取补偿之后，在整个土地的增值过程中产生的净收益(剩余)中，农民应该获得属于他们的份额。农民得到土地开发净收益的剩余索取权，就能获得一种长久的可持续的发展能力。应探索农民能动地参与土地资本化进程，建立政府、社会资本和农民集体共同开发、合作共赢的机制。在符合规划的前提下，农民可以自主经营建设用地，或与开发商合作，政府征收地产税或物业税，以税收来调节收入分配。在土地开发和补偿成本越来越高，土地出让金的纯收益比例不断下降的情况下，这是一种可行的选择。