马歇尔认为，马伯里等人所赖以提出诉讼的《1789年司法法》第13条与美国宪法相悖。因为宪法中宣称：“在一切有关大使、公使、领事以及以一州为当事人的案件中，最高法院有初审权。在所有其他案件中，最高法院有上诉审理权。”而“马伯里诉麦迪逊案”属于宪法所规定的“其他案件”，因此最高法院对之只有上诉审理权，宪法并没授予最高法院初审权，也就是说这个案子不属于最高法院的管辖范围。这正好与国会颁布的《1789年司法法》规定的“联邦最高法院有权对合众国公职人员发布职务执行令”相抵触。到底该坚持马伯里等人赖以提出诉求的法律还是坚持宪法？对这个问题的司法解释权力当属司法部门的范畴和职责，也就是使用任何一条法律的人必须把这条法律解释清楚。如果两条法律相抵触，法院必须做出裁决，这是法院的职责。
　　美国宪法代表了全体美国人民的意志，立法者和公民都必须遵守。美国人认为法官有权依据宪法而不是依据法律对公民进行判决，即美国人允许法官不使用在他看来违宪的法律。对此，马歇尔明确指出，与宪法相抵触的立法机关法案是无效的，并且不存在其他选择，宪法要么至高无上，要么等同于普通立法。在法庭上，马歇尔重申了就职时的宣誓誓言：“我谨庄严宣誓，我将执行法律，不因人而异，穷人和富人一视同仁；我将尽我最大的能力和最好的理解遵照合众国的宪法和法律，忠实和公正地履行我必须履行的全部职责。”最终宣判，“与宪法相悖的法律是无效的，法院和其他部门均受宪法约束”，驳回原告马伯里的诉求，《1789年司法法》第13条因为违宪而被取消。
　　轰动一时的“马伯里诉麦迪逊案”终于以国会立法违宪而宣告结束。马歇尔的判决既表现出司法部门的独有权威，又避免与国会直接冲突，同时强调了司法部门具有对国会立法的司法解释权、裁定政府行为和国会立法行为是否违宪的权力。该案不仅提高了联邦最高法院的司法权威和地位，也为美国三权分立、互相制衡原则奠定了基石，成为美国司法史上的重要里程碑，标志着美国违宪审查制度的建立，被誉为“世界宪政第一案”。该案使司法解释权成为最高法院的职责和权力范畴，且逐渐将违宪审查权运用到审查各州的立法。同时，这个诉讼案真实地反映出，当时虽然根据1787年宪法确立了三权分立的政治原则和制度构架，但是在此案之前并未在实践中得以实现。正是此案的发生和最终判决意味着美国权力体系的重大调整，联邦最高法院从此获得了能够与立法权和行政权制衡与分立的地位。在今天美国联邦最高法院院史博物馆中，约翰?马歇尔大法官的全身铜像以及大法官专用餐厅墙壁上悬挂的马伯里和麦迪逊画像，仿佛每天在提醒各位大法官：若不是当年马歇尔大法官在“马伯里诉麦迪逊案”中令人称奇的绝妙判决，恐怕就不会有今天联邦最高法院至高无上的权威。