當前科研經費支出中存在著較為普遍的合法不合理的浪費、低效使用和濫用行為，以及違規、違紀乃至違法挪用和侵佔行為。這一方面與監督管理機制不健全有關，另一方面也存在著由於科研經費管理制度的僵化、不合理而導致的科研人員逆向選擇行為因素。深化科研經費管理改革關鍵是要建立適應科研活動特點和科研創新規律的經費管理制度，同時又要符合財政預算管理的有關要求，並符合國家收入分配制度的總體方向。科研投入從傳統的“以物為本”轉到“以人為本”，通過科研經費績效支出增加人力資本補償，並配套建立健全以結果為導向的科研績效管理機制，增強制度的激勵性和約束性。
10月22日，財政部長樓繼偉代表國務院在第十二屆全國人民代表大會常務委員會第五次會議上作的 《關於國家財政科技資金分配與使用情況的報告》指出，科技投入是科技創新的物質基礎，財政科技資金投入在支持公共科技活動、引導企業等社會投入方面發揮著重要作用。進一步加強和改進財政科技資金管理，真正提高使用效益，根本上還要靠深化科技體制改革。而科技部部長萬鋼在10月11日國務院新聞辦舉行的新聞發布會上，對近年來出現的一些科研經費違法違規事件，言辭激烈地表達了憤怒、痛心和錯愕之情。在科研經費使用已普遍存在著失范、違規現象的今天，當務之急是要加快制度改革，切實尊重科技創新的基本規律和科研活動的客觀需求，匹配靈活有效的科研經費管理制度安排。
科研經費使用怎能淪為違規違法的重災區？
近年來科研經費連年大幅增長，但其使用的合規性、效益性卻日愈成為一個突出問題。國家審計署在公布科技部2010年度審計時寫下注腳：審計2010年的99個支撐計劃在研項目，普遍存在不符合專項經費管理辦法及其他財經制度規定的問題，課題擴大開支范圍、未經批准調整預算、會計核算不規范等，涉及資金數以億計。中國科協數年前的一次調查顯示：科研資金用於項目本身僅佔40％左右，大量科研經費流失在項目之外。北京海澱區檢察院自2003年以來共立案偵查科研經費領域職務犯罪17件、21人，其中，利用科研經費監管漏洞違法違規貪污、挪用類犯罪較為集中，涉案人員不少為高級知識分子。
客觀來說，當前科研經費支出中存在著較為普遍的合法不合理的浪費、低效使用和濫用行為，以及違規、違紀乃至違法挪用和侵佔行為。這些違規違法行為，一方面與監督管理機制不健全有關，另一方面也存在著由於科研經費管理制度的僵化、不合理而導致的科研人員逆向選擇行為因素。
現實與困境：人力資本價值如何體現？
科技創新，人是第一要素。智力勞動是科研活動最主要的投入，應得到應有的尊重和體現。然而長期以來，我國科研經費投入“重物不重人”，大都投到物和活動上去，如科研儀器設備、會議、差旅等等。但是眾所周知，科研投入不等於實驗經費或儀器投入，其與科研產出並無直接關聯。由此導致兩方面的問題：一是科研浪費嚴重，使得一些課題中出現很多合法但並不合理的支出，如開很多沒必要的會議，購買過多的、外界不易核查的試劑耗材﹔二是人力成本補償的“曲線化”，即虛構支出，通過虛報冒領來間接獲得補償。在這個過程中，作為“利益共同體”的課題依托單位往往會適當放寬一些限制，在“預算范圍”內默許課題組適當報銷部分非真實支出的票據。這也就是科技部部長萬鋼在2013年10月11日國新辦新聞發布會上所說的“科技人員與管理人員是坐在同一條船上搖槳”的問題。
自2009年開始，相關部門做了積極的政策改進。《民口科技重大專項資金管理暫行辦法》（財教【2009】218號）和《關於調整國家科技計劃和公益性行業科研專項經費管理辦法若干規定的通知》（財教【2011】434號）先后明確了國家科研項目間接費用列支辦法，並規定間接費用由項目（課題）承擔單位統籌使用和管理，間接費用中用於科研人員激勵支出的部分，在對科研人員進行績效考核的基礎上，結合科研實際，由所在單位根據國家有關規定統籌安排。但總體來看，這一改革作法還顯得偏於保守，邁的步子過小，仍遠遠不足以體現科研活動中人力資本的價值和貢獻。
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