方向與出路：以人為本，結果導向
深化科研經費管理改革關鍵是要建立適應科研活動特點和科研創新規律的經費管理制度，同時又要符合財政預算管理的有關要求，並符合國家收入分配制度的總體方向。把握科研活動規律，最重要一條就是要以人為本，為科研人員的工作創造寬鬆的環境，充分調動科研人員的創新積極性。科研投入從傳統的“以物（活動）為本”轉到“以人為本”，通過科研經費績效支出增加人力資本補償，並配套建立健全以結果為導向的科研績效管理機制，增強制度的激勵性和約束性。
（一）解放思想，樹立市場契約精神，推行購買科研服務模式
深化科研經費管理制度改革首先應解放思想。在市場經濟體制下，科研項目和經費的分配應充分體現市場契約精神。在保持國家對科研院所穩定性經費支持的基礎上，對於競爭性項目經費，應比照市場化的研究機構，實行購買服務的項目經費安排模式，這種方式尤其適宜在任務目標明確的應用研究和應用基礎研究領域率先推行。在項目（課題）管理模式上，應將以往下達“任務書”的行政化模式轉變為簽訂“協議書”或“合同”的市場化模式，明確承擔單位與國家科技主管部門的責權關系。同時，要將嚴格的“過程管控”轉變為嚴格的“成果驗收和績效考評”，清晰規定科研活動應達到的成果產出要求，明確分階段任務考核目標，並根據完成情況和效果考核實施科研經費分階段撥付，形成契約式管理。在這種模式下，更進一步的、細化的改革措施都可以順理成章地推行，如對於某些可控性較強、任務可標准化的科研活動支出，如基本科研條件配置費 （如科研用電腦、打印、裝訂費）、差旅食宿費等，在明確配備標准和預算定額標准的條件下，可試行改變實報實銷方式，將發票報銷制改為“預算核撥＋事務核銷”制，即核定出一個合理的預算額度，限額內包干使用，超支不補。這樣不僅可以大大減少票據審核、報銷等不必要的工作負擔，也有助於建立科研經費的自主節約使用機制。
（二）完善“人力資本”補償機制
從國家認可 “知識創造價值”、“人才是創新第一要素”的宏觀政策導向看，在科研項目經費中對人力資本和科研勞動投入進行補償，不僅合理且十分必要。因為它是對科研人員承擔國家任務和項目的激勵，是對其付出的難以准確核算的超額勞動投入的認可，更是對其創造性智力勞動的一種褒獎。
一是推行科研項目“全成本核算”與補償。借鑒英國科研項目FEC改革、美國通過直接經費計算間接費用比率等有關經驗，財政和科技主管部門應指導建立和完善科研項目全成本核算制度。“全成本”是指應計入科研課題、產品和一切有償服務活動成本的全部實際合法的支出總和。通過科學合理、真實完整地核算各項科研成本，確定人員經費等各項間接成本的合理水平，使得包括人力資本支出在內的各項直接和間接成本、專項成本和分攤性成本都能得到合理的經濟補償，使科研資金能用到真正需要的地方，並利於開展績效評價工作。
二是恢復在直接成本中開支一定比例的“科研津貼”、“勞務費”。建議進一步修訂完善有關科研經費管理辦法，借鑒英、美等國的作法，擴大科研項目直接成本中勞務費支出范圍。提高人員經費預算比例，相應可削減一些無關性支出，如削減或嚴格限制餐飲費、招待費等模糊性很強的項目報銷。人員費不僅限於研究生和臨時外聘人員的勞務費開支，項目負責人和課題組成員根據貢獻（工作量）大小也可以獲得一定比例的勞務酬金或“智力補償費”,使科研人員的勞動付出得到應有的報酬，提高其科研工作干勁和創新積極性，減少費用虛假報銷現象。
三是完善間接費用補償機制。在目前政策明確人員“績效支出”從間接費用中安排的制度規定下，應加快推進事業單位績效工資制度配套改革，建立起科研人員科研工作量核算和績效評定辦法，建立健全間接費用中人員績效支出管理辦法，明確人員績效激勵支出的具體內容和實現方式，確保落實、落地。
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