在綜合協調方面，“條塊分割”的管理體制在全局性危機事件的應對中顧此失彼。“非典”危機由單純的公共衛生事件逐步演變為影響到經濟外貿、社會秩序、政治穩定以及國際形象等各個方面的復合型危機，需要總攬全局的應對措施。但在當時的行政體制下，危機應對所需要的權力和資源分散在各個部門中，利益分割，信息阻滯，多龍治水，上下不暢，職能出現錯位和重疊，缺乏具有會商決策功能的綜合體系和綜合協調部門，沒有建立起處理不同性質危機事件的協調機制。一旦需要動用各方資源的重大危機爆發，或是多種危機事件並發，可能會使政府在處理危機事件中的政策不能很好地協調。
　　在國際合作方面，“非典”危機還揭示出我國對全球治理的距離與陌生。“非典”爆發的 2003年是我國加入世貿組織的第三年，我國對各類國際組織的戰略目標、運行模式和國際合作機制的認識尚處於起步階段。在經濟開放的同時，我國對公共事務的國際合作保持謹慎態度，不僅失去了借助於世衛組織的“全球爆發預警與回應網絡”（GOARN）、“健康城市”網絡等全球網絡和政策工具以阻斷疫情的良機，而且嚴重影響了我國政府的國際聲譽和大國形象。事實上，全球化時代中，公共事務的治理至少發生了兩個重要的轉變：一是本地危機極易通過人員流動、空間關聯、經濟和技術聯系等演變為全球危機，打破了傳統國家的地理邊界和制度架構﹔二是一部分國際組織已成為特定事務中資源和權力的匯聚點，形成了基於專業知識和能力的治理權威。參與全球治理是全球化時代的必然選擇，“非典”加速了我國公共事務治理國際化的進程。