抗日戰爭勝利后，1946年9月30日，南院由清華大學農學院接收，農學院用整整一年對“飛機樓”進行整修與改建，將其改為教室、實驗室及農藝系一部分的工作室。
　　1948年底，解放大軍兵臨城下，北平進入了“圍城”時期。此時，農學院的學生中已經有了中共地下黨及其外圍組織“中國民主青年聯盟”（簡稱“中聯”）的成員，其中白祖誠是地下黨員，邢金鐘是“中聯”地下盟員，后來又陸續發展張福海、章賢愚、陸明賢加入“中聯”，成立了“中聯”小組。黨組織給他們的中心任務是組織護校，迎接解放。一天，邢金鐘在“飛機樓”上課時，聽見管樓和打鐘的工友說“（國民黨）軍隊要在樓上設瞭望哨，我勸阻他們不聽。”當時，“飛機樓”是萬壽山和清華氣象台之間的最高建筑物，位置十分重要，為了消除這一隱患，他爬到“飛機樓”平台上，見有兩個持槍士兵趴在女兒牆上向北瞭望，便嚇唬他們說：“我是遠征軍復員到這裡的，清華校長梅貽琦是國民黨的中央委員，你們不打招呼就進來，在教學主樓設瞭望哨，影響教學，等校長知道后你們吃不了兜著走！”這番恐嚇果然起到效用，兩名士兵放棄了瞭望哨撤出了農學院。12月14日天亮后，穿著灰色棉軍服的解放軍四野的部隊開到了農學院，在“中聯”盟員的引導下，同國民黨軍在西苑大街的東口進行了一場小規模的戰斗，清華大學農學院一堂課也沒耽誤，就迎來了解放（據邢金鐘《自得園的黎明》）。1949年2月1日，由北平地下黨的負責人彭真在“飛機樓”的一層大教室給清華大學、燕京大學和西郊的地下黨員作報告。彭真在報告中說：進城后要依靠工人階級，迅速恢復生產，保障供給，穩定人民群眾的生活，提高警惕，防范特務破壞搗亂。他還告誡黨員們要嚴格遵守紀律，樹立優良的作風。這之后，農學院的校址成了中共中央黨校的辦學地，而參加這次會議的清華大學的學生地下黨員龔育之，日后成了中央黨校的副校長（據龔育之《我在清華的三年》及騰藤《對清華大學解放前后的一些回憶》）。
　　1949年10月，清華大學農學院和北京大學農學院以及華北大學農學院三校合辦北京農業大學，新校址定在羅道庄。15日，清華大學農學院向馬列學院（中央黨校前身）移交了有關財產並簽訂了清冊交接單，10月28日，馬列學院正式進駐，“飛機樓”成為馬列學院的辦公和教學場所。馬列學院第一屆學員畢業典禮時劉少奇同志在“飛機樓”大教室講了話，會后請大家觀看了評劇《小二黑結婚》。中央黨校原副校長韓樹英回憶說：“中央領導周恩來、朱德同志經常來黨校看望大家，在第二、三班的開學典禮上劉少奇同志攜夫人王光美來校並在‘飛機樓’大教室做了報告。其中一部分內容題為《學習態度和學習方法》，后被編入《劉少奇選集》下卷。”在上世紀五六十年代，楊獻珍、艾思奇等都曾在“飛機樓”給黨校學員授課和做報告，黨校的重要活動也多在“飛機樓”進行。在黨校未復校前的70年代，“飛機樓”內顯得空空蕩蕩，但有三個地方對院內的孩子們有著巨大的吸引力，一個是有著彩色電視機的一層的大教室，每晚人們都在這裡觀看電視節目﹔一個是一層東側的少年之家，這裡是黨校孩子們課余活動的場所﹔還有就是頂層寬闊的平台，那裡視野開闊，可以登臨遠眺和嬉戲玩耍。自上世紀80年代后，“飛機樓”一度被黨史研究室借用為辦公樓，直至新世紀學習時報社遷入，現在飛機樓已成為合並后的中央黨校報刊社的辦公樓。
　　“飛機樓”的內部雖經多次改造，但整體結構基本如故，是中央黨校內唯一保存原貌的民國時期的建筑，是“傳統主義”新建筑這一近代知名建筑學派的代表作品，且出自著名建筑師徐仁祥之手，具有很高的文物價值和建筑學價值，它應該像清華大學和北京大學的早期建筑一樣，得到應有的保護。