当前科研经费支出中存在着较为普遍的合法不合理的浪费、低效使用和滥用行为，以及违规、违纪乃至违法挪用和侵占行为。这一方面与监督管理机制不健全有关，另一方面也存在着由于科研经费管理制度的僵化、不合理而导致的科研人员逆向选择行为因素。深化科研经费管理改革关键是要建立适应科研活动特点和科研创新规律的经费管理制度，同时又要符合财政预算管理的有关要求，并符合国家收入分配制度的总体方向。科研投入从传统的“以物为本”转到“以人为本”，通过科研经费绩效支出增加人力资本补偿，并配套建立健全以结果为导向的科研绩效管理机制，增强制度的激励性和约束性。
10月22日，财政部长楼继伟代表国务院在第十二届全国人民代表大会常务委员会第五次会议上作的 《关于国家财政科技资金分配与使用情况的报告》指出，科技投入是科技创新的物质基础，财政科技资金投入在支持公共科技活动、引导企业等社会投入方面发挥着重要作用。进一步加强和改进财政科技资金管理，真正提高使用效益，根本上还要靠深化科技体制改革。而科技部部长万钢在10月11日国务院新闻办举行的新闻发布会上，对近年来出现的一些科研经费违法违规事件，言辞激烈地表达了愤怒、痛心和错愕之情。在科研经费使用已普遍存在着失范、违规现象的今天，当务之急是要加快制度改革，切实尊重科技创新的基本规律和科研活动的客观需求，匹配灵活有效的科研经费管理制度安排。
科研经费使用怎能沦为违规违法的重灾区？
近年来科研经费连年大幅增长，但其使用的合规性、效益性却日愈成为一个突出问题。国家审计署在公布科技部2010年度审计时写下注脚：审计2010年的99个支撑计划在研项目，普遍存在不符合专项经费管理办法及其他财经制度规定的问题，课题扩大开支范围、未经批准调整预算、会计核算不规范等，涉及资金数以亿计。中国科协数年前的一次调查显示：科研资金用于项目本身仅占40％左右，大量科研经费流失在项目之外。北京海淀区检察院自2003年以来共立案侦查科研经费领域职务犯罪17件、21人，其中，利用科研经费监管漏洞违法违规贪污、挪用类犯罪较为集中，涉案人员不少为高级知识分子。
客观来说，当前科研经费支出中存在着较为普遍的合法不合理的浪费、低效使用和滥用行为，以及违规、违纪乃至违法挪用和侵占行为。这些违规违法行为，一方面与监督管理机制不健全有关，另一方面也存在着由于科研经费管理制度的僵化、不合理而导致的科研人员逆向选择行为因素。
现实与困境：人力资本价值如何体现？
科技创新，人是第一要素。智力劳动是科研活动最主要的投入，应得到应有的尊重和体现。然而长期以来，我国科研经费投入“重物不重人”，大都投到物和活动上去，如科研仪器设备、会议、差旅等等。但是众所周知，科研投入不等于实验经费或仪器投入，其与科研产出并无直接关联。由此导致两方面的问题：一是科研浪费严重，使得一些课题中出现很多合法但并不合理的支出，如开很多没必要的会议，购买过多的、外界不易核查的试剂耗材；二是人力成本补偿的“曲线化”，即虚构支出，通过虚报冒领来间接获得补偿。在这个过程中，作为“利益共同体”的课题依托单位往往会适当放宽一些限制，在“预算范围”内默许课题组适当报销部分非真实支出的票据。这也就是科技部部长万钢在2013年10月11日国新办新闻发布会上所说的“科技人员与管理人员是坐在同一条船上摇桨”的问题。
自2009年开始，相关部门做了积极的政策改进。《民口科技重大专项资金管理暂行办法》（财教【2009】218号）和《关于调整国家科技计划和公益性行业科研专项经费管理办法若干规定的通知》（财教【2011】434号）先后明确了国家科研项目间接费用列支办法，并规定间接费用由项目（课题）承担单位统筹使用和管理，间接费用中用于科研人员激励支出的部分，在对科研人员进行绩效考核的基础上，结合科研实际，由所在单位根据国家有关规定统筹安排。但总体来看，这一改革作法还显得偏于保守，迈的步子过小，仍远远不足以体现科研活动中人力资本的价值和贡献。
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