方向与出路：以人为本，结果导向
深化科研经费管理改革关键是要建立适应科研活动特点和科研创新规律的经费管理制度，同时又要符合财政预算管理的有关要求，并符合国家收入分配制度的总体方向。把握科研活动规律，最重要一条就是要以人为本，为科研人员的工作创造宽松的环境，充分调动科研人员的创新积极性。科研投入从传统的“以物（活动）为本”转到“以人为本”，通过科研经费绩效支出增加人力资本补偿，并配套建立健全以结果为导向的科研绩效管理机制，增强制度的激励性和约束性。
（一）解放思想，树立市场契约精神，推行购买科研服务模式
深化科研经费管理制度改革首先应解放思想。在市场经济体制下，科研项目和经费的分配应充分体现市场契约精神。在保持国家对科研院所稳定性经费支持的基础上，对于竞争性项目经费，应比照市场化的研究机构，实行购买服务的项目经费安排模式，这种方式尤其适宜在任务目标明确的应用研究和应用基础研究领域率先推行。在项目（课题）管理模式上，应将以往下达“任务书”的行政化模式转变为签订“协议书”或“合同”的市场化模式，明确承担单位与国家科技主管部门的责权关系。同时，要将严格的“过程管控”转变为严格的“成果验收和绩效考评”，清晰规定科研活动应达到的成果产出要求，明确分阶段任务考核目标，并根据完成情况和效果考核实施科研经费分阶段拨付，形成契约式管理。在这种模式下，更进一步的、细化的改革措施都可以顺理成章地推行，如对于某些可控性较强、任务可标准化的科研活动支出，如基本科研条件配置费 （如科研用电脑、打印、装订费）、差旅食宿费等，在明确配备标准和预算定额标准的条件下，可试行改变实报实销方式，将发票报销制改为“预算核拨＋事务核销”制，即核定出一个合理的预算额度，限额内包干使用，超支不补。这样不仅可以大大减少票据审核、报销等不必要的工作负担，也有助于建立科研经费的自主节约使用机制。
（二）完善“人力资本”补偿机制
从国家认可 “知识创造价值”、“人才是创新第一要素”的宏观政策导向看，在科研项目经费中对人力资本和科研劳动投入进行补偿，不仅合理且十分必要。因为它是对科研人员承担国家任务和项目的激励，是对其付出的难以准确核算的超额劳动投入的认可，更是对其创造性智力劳动的一种褒奖。
一是推行科研项目“全成本核算”与补偿。借鉴英国科研项目FEC改革、美国通过直接经费计算间接费用比率等有关经验，财政和科技主管部门应指导建立和完善科研项目全成本核算制度。“全成本”是指应计入科研课题、产品和一切有偿服务活动成本的全部实际合法的支出总和。通过科学合理、真实完整地核算各项科研成本，确定人员经费等各项间接成本的合理水平，使得包括人力资本支出在内的各项直接和间接成本、专项成本和分摊性成本都能得到合理的经济补偿，使科研资金能用到真正需要的地方，并利于开展绩效评价工作。
二是恢复在直接成本中开支一定比例的“科研津贴”、“劳务费”。建议进一步修订完善有关科研经费管理办法，借鉴英、美等国的作法，扩大科研项目直接成本中劳务费支出范围。提高人员经费预算比例，相应可削减一些无关性支出，如削减或严格限制餐饮费、招待费等模糊性很强的项目报销。人员费不仅限于研究生和临时外聘人员的劳务费开支，项目负责人和课题组成员根据贡献（工作量）大小也可以获得一定比例的劳务酬金或“智力补偿费”,使科研人员的劳动付出得到应有的报酬，提高其科研工作干劲和创新积极性，减少费用虚假报销现象。
三是完善间接费用补偿机制。在目前政策明确人员“绩效支出”从间接费用中安排的制度规定下，应加快推进事业单位绩效工资制度配套改革，建立起科研人员科研工作量核算和绩效评定办法，建立健全间接费用中人员绩效支出管理办法，明确人员绩效激励支出的具体内容和实现方式，确保落实、落地。
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