独立机构的管理
　　执行性的独立机构由主管机关提请国务院任命，监督性的独立机构可以考虑由人大任命，这也将有助于扩大人大作为国家权力机关的职能。独立机构每年年终都要提交工作报告、财务报告及下一年度工作计划，接受主管部门或人大的质询，并接受公众和舆论的监督。设置目的达不到时，由主管部门或人大宣告解散。管理上主要实施市场化的法人治理模式。在一些极其特殊的很难进行法人治理模式的机构，也可以采取独任制。对于既行使公权力又提供公共服务的机构，要设立董事会，董事长由董事会选举产生。董事会由政府及其他出资代表及选出的相关社会精英组成，主要工作是确定该机构的战略发展方向，以及确保完成中央政府的绩效目标体系，但不干涉机构具体的操作和细节工作，具体的执行细节由管理层负责。人员上以专业性为其存在的根本价值，采取企业化的人才流动方式。独立机构设立监事。经费上，可以来源于国家的财政，还可以向社会募集或征收。运营上，履职性的公益活动无需纳税；经营性活动则必须纳税。
　　保障独立行使职权
　　企业化经营，类市场化运作将会带来明显的效率和活力。因此，无论是执行性的独立机构还是监管性的独立机构，都要强调其对法律负责。对于其正常行使权力，主管部门不能干预。这依赖于法律对于法人治理结构、治理机制、治理规则的规范及相关的制度化建设。要切实保障独立机构的独立性，就必须克服传统官僚主义的管理方式，彻底摆脱“长官意志”在事业单位中所起的作用。独立机构领导人的选择标准、任免程序、工作评价可以参照法人的模式，无正当理由不得被罢免。独立机构的运行经费由预算保障，不得随意增减。