抗日战争胜利后，1946年9月30日，南院由清华大学农学院接收，农学院用整整一年对“飞机楼”进行整修与改建，将其改为教室、实验室及农艺系一部分的工作室。
　　1948年底，解放大军兵临城下，北平进入了“围城”时期。此时，农学院的学生中已经有了中共地下党及其外围组织“中国民主青年联盟”（简称“中联”）的成员，其中白祖诚是地下党员，邢金钟是“中联”地下盟员，后来又陆续发展张福海、章贤愚、陆明贤加入“中联”，成立了“中联”小组。党组织给他们的中心任务是组织护校，迎接解放。一天，邢金钟在“飞机楼”上课时，听见管楼和打钟的工友说“（国民党）军队要在楼上设瞭望哨，我劝阻他们不听。”当时，“飞机楼”是万寿山和清华气象台之间的最高建筑物，位置十分重要，为了消除这一隐患，他爬到“飞机楼”平台上，见有两个持枪士兵趴在女儿墙上向北瞭望，便吓唬他们说：“我是远征军复员到这里的，清华校长梅贻琦是国民党的中央委员，你们不打招呼就进来，在教学主楼设瞭望哨，影响教学，等校长知道后你们吃不了兜着走！”这番恐吓果然起到效用，两名士兵放弃了瞭望哨撤出了农学院。12月14日天亮后，穿着灰色棉军服的解放军四野的部队开到了农学院，在“中联”盟员的引导下，同国民党军在西苑大街的东口进行了一场小规模的战斗，清华大学农学院一堂课也没耽误，就迎来了解放（据邢金钟《自得园的黎明》）。1949年2月1日，由北平地下党的负责人彭真在“飞机楼”的一层大教室给清华大学、燕京大学和西郊的地下党员作报告。彭真在报告中说：进城后要依靠工人阶级，迅速恢复生产，保障供给，稳定人民群众的生活，提高警惕，防范特务破坏捣乱。他还告诫党员们要严格遵守纪律，树立优良的作风。这之后，农学院的校址成了中共中央党校的办学地，而参加这次会议的清华大学的学生地下党员龚育之，日后成了中央党校的副校长（据龚育之《我在清华的三年》及腾藤《对清华大学解放前后的一些回忆》）。
　　1949年10月，清华大学农学院和北京大学农学院以及华北大学农学院三校合办北京农业大学，新校址定在罗道庄。15日，清华大学农学院向马列学院（中央党校前身）移交了有关财产并签订了清册交接单，10月28日，马列学院正式进驻，“飞机楼”成为马列学院的办公和教学场所。马列学院第一届学员毕业典礼时刘少奇同志在“飞机楼”大教室讲了话，会后请大家观看了评剧《小二黑结婚》。中央党校原副校长韩树英回忆说：“中央领导周恩来、朱德同志经常来党校看望大家，在第二、三班的开学典礼上刘少奇同志携夫人王光美来校并在‘飞机楼’大教室做了报告。其中一部分内容题为《学习态度和学习方法》，后被编入《刘少奇选集》下卷。”在上世纪五六十年代，杨献珍、艾思奇等都曾在“飞机楼”给党校学员授课和做报告，党校的重要活动也多在“飞机楼”进行。在党校未复校前的70年代，“飞机楼”内显得空空荡荡，但有三个地方对院内的孩子们有着巨大的吸引力，一个是有着彩色电视机的一层的大教室，每晚人们都在这里观看电视节目；一个是一层东侧的少年之家，这里是党校孩子们课余活动的场所；还有就是顶层宽阔的平台，那里视野开阔，可以登临远眺和嬉戏玩耍。自上世纪80年代后，“飞机楼”一度被党史研究室借用为办公楼，直至新世纪学习时报社迁入，现在飞机楼已成为合并后的中央党校报刊社的办公楼。
　　“飞机楼”的内部虽经多次改造，但整体结构基本如故，是中央党校内唯一保存原貌的民国时期的建筑，是“传统主义”新建筑这一近代知名建筑学派的代表作品，且出自著名建筑师徐仁祥之手，具有很高的文物价值和建筑学价值，它应该像清华大学和北京大学的早期建筑一样，得到应有的保护。