網絡社會中個體的身份屬性與個體權利問題。網絡社會中的個體是網絡中的基本活動單元。然而網絡社會中個體的身份屬性到底是什麼，這一問題依然還未有明確回答。在現實生活中，個體屬性與人的基本權利高度相關，如生存權、財產權、受教育權、發展權等。而網絡社會中的虛擬主體的屬性到底是什麼？是否應該如同現實生活一樣被承認並賦予同樣的活的個體的權利？如果承認的話，虛擬個體的權利到底是什麼？實際生活中的個體是否有權擁有多個網絡虛擬個體身份？在剝奪網絡社會虛擬主體基本權利特別是網絡活動權利的同時是否需要履行一定的法律程序（例如網絡管理單位是否有權或者在什麼條件下能夠封禁網絡上的虛擬主體）？這些問題都沒有很好的解決。
　　網絡社會治理與保障公民權利的關系問題。困擾網絡社會治理的一個重要的政治矛盾是，一方面網絡社會極大地擴展了公民參政議政的權利和渠道，同時網絡的言論自由等權利是公民重要的人身權利﹔另一方面，對網絡社會的嚴格管制或者控制有可能會極大損害公民的這種權利。因此，從保障公民權利和形成政治平衡的角度來說這就成為反對網絡管理的一種主要的政治價值的阻力。而這種擔憂並不是沒有道理的，因此如何能夠在保障公民基本網絡權利和自由的情況下同時實現網絡社會的有效治理，這是需要認真考慮的問題。此外，政府或者其他組織有沒有權利對公民的網絡信息和活動進行監控，應該在什麼水平和范圍內監控，應該履行哪些程序，都是需要認真考慮的。
　　政府、企業、社會組織、公民在網絡社會中的位置和角色關系問題。網絡社會重要的特性就是由於網絡社會顛覆了原有的相對固定的層級關系，使得政府、企業、社會組織、公民等各種主體都以大致平等的身份來參與到網絡社會的互動中。那麼，在網絡社會中，這些在原本真實社會具有明顯層級地位和力量不平衡的主體在網絡社會中應該扮演什麼樣的位置和角色？是否在網絡社會中還應該保持原先的固化的層級關系和力量對比？（典型的如無論政府大小，其在網絡社會的代表都是單一的ID，而顯然在缺乏層級秩序的網絡社會中處於相對劣勢的一方）。
　　網絡社會治理與推進信息化建設、經濟發展之間的關系問題。網絡社會的發展與推進信息化等重大的產業措施高度相連，也是中國快速推動信息社會建設的重要成果。一個基本的問題是，對於網絡社會的治理會不會損害和抑制正在蓬勃發展中的信息化進程和蓬勃發展的網絡經濟？更何況在當今中國的經濟實際中，信息化發展是中國經濟轉型的重要支柱。這就需要在設計和研究網絡社會的治理策略和機制時進行考慮。
　　網絡社會治理與政務公開、效能建設、反腐敗等政府建設的關系。如前所述，對政府管制體系的挑戰是網絡社會治理的重要壓力之一。然而，網絡社會的治理與政務公開、效能建設、反腐敗以提高政府能力和廉潔程度之間的關系如何？一個基本的原則是對網絡社會的治理並不能成為阻礙或者拖延政務公開、效能建設、反腐敗等的理由和解決政府缺乏網絡信任的辦法。怎麼樣將兩者結合起來，並通過自身的建設而完善整體網絡社會的官民信任和沖突問題並增加實際政府的合法性，也是需要認真研究的問題。