然而，制度是一項系統工程。屢禁不絕的腐敗現象表明，用零打碎敲的措施進行約束，就好比堂吉訶德用長矛大戰風車，遠遠不足以把權力關進籠子裡。除了教育和制度並重、兩大領域都要加強力度之外，在權力約束領域，還必須把縱向權力制約、橫向權力制約和非權力對權力的制約統籌起來，形成多元化的監督約束體系，遏制腐敗才有足夠的力量。建設這樣一個體系，需要一個長期的過程。從現實情況看，我們的權力約束還更多地著眼於依靠行政命令體制，過多地依賴縱向地用上級權力對下級權力進行約束。我們強調了一系列“必須”、“一定”、“堅持”、“絕不”，主體卻非常單一，不言自明地主要指上級機關。這種權力約束導致的難題是：約束權力的權力由誰來約束？歷史証明，把希望寄托在縱向的權力約束上，不可能從根本上遏制腐敗。這是中國歷朝歷代被腐敗困擾而人亡政息給我們的最深刻的教訓。可以說，從今天腐敗現象尚未得到有效遏制的現實看，反腐倡廉建設的頂層設計並未完善。
　　需要對現有的反腐倡廉制度進行梳理
　　這些年來，反腐倡廉制度在朝著體系化的方向邁進。但是，客觀地說，缺乏體系性、系統性，仍然是現有反腐倡廉制度的突出特點。究其原因，根本還在於我們對制度的思考缺乏系統思維。
　　什麼是體系？英文為“SYS-TEM”，可同時譯為制度、體制、體系等。可見，體系和系統本應是一個概念。反腐制度作為一個體系，應該是一個把理論、政策、規則、程序、措施連接在一起的能運行的系統。從這個角度講，現行反腐倡廉制度存在兩個問題。第一，我們往往把它的文本體系誤認為體系本身，似乎針對問題提出的要求、作出的規定、採取的措施、制定的條例之總和就是制度建設的內容，滿足乃至熱衷於這些文件文本的起草，似乎形成了文件，就算完成了制度建設。結果是，關於反腐敗的文件不老少，甚至多得記都記不住，落實起來卻是按下葫蘆起來瓢，顧得了頭顧不了腳，經常是雨過地皮濕。第二，隻加強了制度要素建設，而非制度體系建設。從系統論的角度講，出台的各項要求、規定、措施，如果不能有機地連接起來，形成閉合的系統，那麼，這些要求、規定、措施至多隻能叫做制度的要素，而不是制度本身。對於完整的制度體系來說，制度要素必不可少。制度建設，首先應該是制度要素的建設。好比蓋一棟樓，磚瓦是必不可少的材料一樣。但是，並非有了磚瓦就等於建成了大樓。有了磚瓦之后，這些磚瓦怎樣組合，才是最重要的問題。組合不科學，不但再多的磚瓦也無用，甚至可能沒蓋完就塌掉了。反腐制度建設亦是如此。不同隻在於，反腐制度不似平地起樓從頭開始，而是在現有的政治體制條件下進行。每個制度要素在進入這套體制時，都會和原有的各個要素發生碰撞、博弈。因此，嚴格說來，所謂制度，應當是新增的制度要素和原有的體制環境、已存在的各種要素進行博弈后達成的一種平衡狀態。所以，常有人說，制度是人制定的，這種觀點其實並不正確。制度不是人制定的。制度要素才是人制定的，而制度則是在各要素、各既有條件的博弈中形成的。
　　要素之間缺乏連接，或是連接了也不能閉合起來，會導致制度建設事倍功半，甚至出現制度變形。特別是，當以上所說的三種制約出現倚多倚少的不均衡狀態時，這種變形便不可避免。例如，體現上對下監督的巡視制度，若不和完善下對上的監督相結合，就會出現“誰來管欽差”的問題﹔單向地加強對紀委的垂直領導，就會產生“誰來管紀委”的問題。實際上，縱向權力制約隻有在橫向權力制約和非權力對權力制約都得到加強的情況下，才能防止出現變形，保証反腐敗不誤入歧途。從這個角度看，我對所謂紀委垂直領導的主張和當今部門權力普遍垂直化的趨勢持質疑的態度。從原理上講，紀委直接體現的應當是權力的橫向監督而非縱向監督。間接地，它也體現非權力對權力的監督。因為按照列寧的設計，黨的紀律監察機構應當是黨的代表大會選出的機關，由代表們授權對黨委會行使權力的行為進行監督。把它變成縱向監督，必然引發一系列其他問題。這些年地方上紀委部門腐敗現象頻出，事實上就是給這種狀況的出現敲響了警鐘。