首先，私企普遍资本积累规模较小，受资本性质影响，市场压力大，抗风险能力弱。我国的私营企业大部分属于中小型企业，与其资本数量和技术水平相配套，大多进行单一化经营，密布于竞争激烈的劳动密集型行业，产品同质性强，价格弹性大，企业内部生产有组织性和社会生产的无政府状态矛盾突出，在快速发展后往往面临产品过剩的问题，利润空间小，成本上升时难以通过产品提价转移压力；部分企业集中于对外贸易的来料加工行业，对外依赖性强，是国外因素影响中国经济的重要传导载体，也往往首当其冲受到近年频发的国外经济危机的影响。由于在国际分工体系中占据不利地位，这些企业通常难以向外转移风险，反而成为危机转嫁的被动接受者。

其次，大量私企没有建立起现代企业制度，即使实行公司制度的很多私企，也存在严重的家族管理特征。企业组织形式包括单人业主制、合伙制和公司制，其中公司制由于有限责任制度、法人治理结构和以企业家为核心的企业管理制度而被认为更适于现代企业运营，成为发达国家主要的企业形式，也被我国称为现代企业制度。20世纪90年代，国有企业进行了大规模的公司化改造，新世纪以来又进一步规范了董事制度和经理层行为，在企业占有权、经营权建设上建树良多。但私企在同期，并没有出现公司制改造浪潮，很多私营企业依然保持初建时独资或合伙的形式，并在企业经营上普遍以家族管理为主。这在企业规模较小时尚可，但伴随企业的成长，其带有强烈血缘家族宗法色彩的管理方式，如以亲情利益替代企业利益，决策的经验性、随意性、独断性等问题，越来越成为企业发展的绊脚石。

再次，私企在经营过程中的不规范经营行为，特别是在劳动力雇佣上的一些问题，导致私企面临较高的人力资源机会成本。长期以来，我国政府对私企的要求基本上就是纳税，至于社会功能和效益等方面则很少要求，这使我国私企虽如西方资本主义国家的私企一样以赚取利润为目的，却不像后者同时承担着一定的社会义务和由国家总体调控制约的社会效益要求。部分私企不能规范经营，在财务管理中弄虚作假，偷税、骗贷、逃债、不讲信用，生产过程中偷工减料、假冒伪劣、污染环境、破坏资源；在劳动力雇佣上，则存在不遵守劳动法、漠视工人合法权益的问题。超时加班，雇主拖欠、克扣、压低劳动者的工资，工作条件恶劣，社会保障很差等问题的大量存在，使劳资关系紧张，极不利于企业的长期健康发展：一是工人对企业认同感差，企业难以留住培养起来的熟练工人，刚刚招到的新工也存在流动性过强的问题；二则表现在工人生产积极性弱，偷懒性对抗行为增多，浪费性生产和内部人偷盗及搭便车行为时有发生，企业人员矛盾多发，协调和管理成本高。实际上，劳资关系的紧张已经成为制约许多私营企业生产效率提高的关键。