其三，大部门制改革不可急于求成、一蹴而就。大部门制改革作为政府组织结构和管理方式的一种创新，是一个长期而复杂的过程。从英美等实行大部门制国家的实践来看，他们大都经历了三五十年甚至更长时间的磨合过程。由于大部门制改革在我国仍处于探索阶段，我们对大部门制改革的理论与实践的研究，对其基础条件、支撑条件、国情基础的理解还有待深入。所以，大部门制改革远不是简单地对多部门一并了之，更不可急急忙忙推进，其中涉及的中央与地方、部门与部门、党委和政府之间等多种权责关系问题需要厘清。

其四，大部门制改革不可孤立而行。稳步推进大部门制改革是深化行政体制改革的重要部分，而政府机构改革与国家非政府机构的改革，与党群机构的改革紧密相联。其中涉及政府机构改革与党群机构改革的关系，涉及与社会团体机构的关系、与事业单位机构的关系，等等。在这一复杂的改革系统中，大部门制改革具有纵横交叉、辐射带动和影响全局的效应。所以，在大部门制改革中，应该统筹兼顾，协调推进，不应孤立而行。可以用大部门制改革带动事业单位分类改革，推动编制管理和领导职数改革，推进政府职能转变，并可辐射波及行政审批制度和政府绩效管理等方面的创新。反过来，大部门制改革的顺利推进，也需要事业单位改革、领导职数与编制改革、行政审批制度改革的配合和系统推进。因此，可以大部门制改革为契机，统筹规划，协调联动，推动行政体制改革向纵深发展。