然而，制度是一项系统工程。屡禁不绝的腐败现象表明，用零打碎敲的措施进行约束，就好比堂吉诃德用长矛大战风车，远远不足以把权力关进笼子里。除了教育和制度并重、两大领域都要加强力度之外，在权力约束领域，还必须把纵向权力制约、横向权力制约和非权力对权力的制约统筹起来，形成多元化的监督约束体系，遏制腐败才有足够的力量。建设这样一个体系，需要一个长期的过程。从现实情况看，我们的权力约束还更多地着眼于依靠行政命令体制，过多地依赖纵向地用上级权力对下级权力进行约束。我们强调了一系列“必须”、“一定”、“坚持”、“绝不”，主体却非常单一，不言自明地主要指上级机关。这种权力约束导致的难题是：约束权力的权力由谁来约束？历史证明，把希望寄托在纵向的权力约束上，不可能从根本上遏制腐败。这是中国历朝历代被腐败困扰而人亡政息给我们的最深刻的教训。可以说，从今天腐败现象尚未得到有效遏制的现实看，反腐倡廉建设的顶层设计并未完善。
　　需要对现有的反腐倡廉制度进行梳理
　　这些年来，反腐倡廉制度在朝着体系化的方向迈进。但是，客观地说，缺乏体系性、系统性，仍然是现有反腐倡廉制度的突出特点。究其原因，根本还在于我们对制度的思考缺乏系统思维。
　　什么是体系？英文为“SYS-TEM”，可同时译为制度、体制、体系等。可见，体系和系统本应是一个概念。反腐制度作为一个体系，应该是一个把理论、政策、规则、程序、措施连接在一起的能运行的系统。从这个角度讲，现行反腐倡廉制度存在两个问题。第一，我们往往把它的文本体系误认为体系本身，似乎针对问题提出的要求、作出的规定、采取的措施、制定的条例之总和就是制度建设的内容，满足乃至热衷于这些文件文本的起草，似乎形成了文件，就算完成了制度建设。结果是，关于反腐败的文件不老少，甚至多得记都记不住，落实起来却是按下葫芦起来瓢，顾得了头顾不了脚，经常是雨过地皮湿。第二，只加强了制度要素建设，而非制度体系建设。从系统论的角度讲，出台的各项要求、规定、措施，如果不能有机地连接起来，形成闭合的系统，那么，这些要求、规定、措施至多只能叫做制度的要素，而不是制度本身。对于完整的制度体系来说，制度要素必不可少。制度建设，首先应该是制度要素的建设。好比盖一栋楼，砖瓦是必不可少的材料一样。但是，并非有了砖瓦就等于建成了大楼。有了砖瓦之后，这些砖瓦怎样组合，才是最重要的问题。组合不科学，不但再多的砖瓦也无用，甚至可能没盖完就塌掉了。反腐制度建设亦是如此。不同只在于，反腐制度不似平地起楼从头开始，而是在现有的政治体制条件下进行。每个制度要素在进入这套体制时，都会和原有的各个要素发生碰撞、博弈。因此，严格说来，所谓制度，应当是新增的制度要素和原有的体制环境、已存在的各种要素进行博弈后达成的一种平衡状态。所以，常有人说，制度是人制定的，这种观点其实并不正确。制度不是人制定的。制度要素才是人制定的，而制度则是在各要素、各既有条件的博弈中形成的。
　　要素之间缺乏连接，或是连接了也不能闭合起来，会导致制度建设事倍功半，甚至出现制度变形。特别是，当以上所说的三种制约出现倚多倚少的不均衡状态时，这种变形便不可避免。例如，体现上对下监督的巡视制度，若不和完善下对上的监督相结合，就会出现“谁来管钦差”的问题；单向地加强对纪委的垂直领导，就会产生“谁来管纪委”的问题。实际上，纵向权力制约只有在横向权力制约和非权力对权力制约都得到加强的情况下，才能防止出现变形，保证反腐败不误入歧途。从这个角度看，我对所谓纪委垂直领导的主张和当今部门权力普遍垂直化的趋势持质疑的态度。从原理上讲，纪委直接体现的应当是权力的横向监督而非纵向监督。间接地，它也体现非权力对权力的监督。因为按照列宁的设计，党的纪律监察机构应当是党的代表大会选出的机关，由代表们授权对党委会行使权力的行为进行监督。把它变成纵向监督，必然引发一系列其他问题。这些年地方上纪委部门腐败现象频出，事实上就是给这种状况的出现敲响了警钟。