其三，大部門制改革不可急於求成、一蹴而就。大部門制改革作為政府組織結構和管理方式的一種創新，是一個長期而復雜的過程。從英美等實行大部門制國家的實踐來看，他們大都經歷了三五十年甚至更長時間的磨合過程。由於大部門制改革在我國仍處於探索階段，我們對大部門制改革的理論與實踐的研究，對其基礎條件、支撐條件、國情基礎的理解還有待深入。所以，大部門制改革遠不是簡單地對多部門一並了之，更不可急急忙忙推進，其中涉及的中央與地方、部門與部門、黨委和政府之間等多種權責關系問題需要厘清。

其四，大部門制改革不可孤立而行。穩步推進大部門制改革是深化行政體制改革的重要部分，而政府機構改革與國家非政府機構的改革，與黨群機構的改革緊密相聯。其中涉及政府機構改革與黨群機構改革的關系，涉及與社會團體機構的關系、與事業單位機構的關系，等等。在這一復雜的改革系統中，大部門制改革具有縱橫交叉、輻射帶動和影響全局的效應。所以，在大部門制改革中，應該統籌兼顧，協調推進，不應孤立而行。可以用大部門制改革帶動事業單位分類改革，推動編制管理和領導職數改革，推進政府職能轉變，並可輻射波及行政審批制度和政府績效管理等方面的創新。反過來，大部門制改革的順利推進，也需要事業單位改革、領導職數與編制改革、行政審批制度改革的配合和系統推進。因此，可以大部門制改革為契機，統籌規劃，協調聯動，推動行政體制改革向縱深發展。