1939年，陈寅恪收到英国牛津大学汉学院教授聘书，决定去牛津大学讲汉学。但走到香港后因欧战爆发，地中海不通航而无奈返回西南联大。1940年夏，听说欧洲方面战况好转，陈寅恪一家再度启程赴英国，但走到香港，被告知因时局关系需延期一年。此时，史语所已迁到四川李庄，傅斯年便致信陈寅恪，邀其到李庄史语所任职。但此时，陈寅恪一家已一贫如洗，连回川的路费都没有了，便写信向傅斯年求助。傅斯年接信后，便想方设法为陈寅恪筹集路费。多方奔走无果后，只好与西南联大的杨振声协商，先从北大文科研究所借支 3000元，汇给陈寅恪。但款尚未汇到，日军就攻陷了香港，陈寅恪一家由此陷入了绝境。直到1942年5月5日，全家才悄悄逃离香港，一路跋涉到了桂林。傅斯年去信邀请陈寅恪到四川李庄，出任当时设在李庄的史语所专任研究员。那时的陈寅恪，眼疾已经很严重了，而且此前经历了一番离乱奔波，所以就以身体状况不允许为由谢绝了。后来，陈寅恪转入成都燕京大学任教，从此与李庄擦肩而过。
　　抗战胜利后，傅斯年带着史语所返回南京，而陈寅恪则重返清华大学执教。但没过多久，解放战争爆发。在北平即将解放之前，国民党政府制定了一个“抢救学人”计划，将陈寅恪“抢救”到南京。但陈寅恪在南京只住了一个晚上，就到上海了，随后到广州岭南大学任教，留在了大陆。而傅斯年则带着史语所去了台湾，成为台大校长。1950年12月20日，傅斯年在参加会议时突发脑溢血，倒在了讲台上，抢救无效去世。得知消息的陈寅恪写了一首诗来悼念傅斯年：“不生不死最堪伤，犹说扶馀海外王。同入兴亡烦恼梦，霜红一枕已沧桑。”1969年10月7日晨，陈寅恪被折磨至死，在凄风苦雨中溘然长逝。两个旷世天才，因政治方面的因缘际会而遥天相望，一个长眠孤岛，一个惨死于岭南病榻，其人生际遇留给后人无尽的思索。