10月11日，在國新辦新聞發布會上，科技部部長萬鋼對科研經費“惡性問題”連說兩個“憤怒”，並表示“痛心”和“錯愕”。近三年審計機關對國家各部委、各省份預算執行和其他財政收支情況發布的數百份年度審計報告，發現涉及“問題科研經費”的至少有39份，問題均發生於2007年至2012年這五年之內。（《新京報10月14日》）
早在2006年，山東省年度審計報告顯示，對高校科研經費使用情況的審計發現，直接用於課題研究的費用開支僅佔四成，管理費用、人員經費等開支約佔六成。而中國科協之前的調查同樣顯示：科研資金用於項目本身的僅佔40%左右，大量科研經費流失在項目之外。科研經費的發放，也漸漸成為腐敗高發區。
科研經費作為“唐僧肉”被人蠶食的現象不僅沒有得到遏制，反而愈演愈烈，從學者到課題組再到中間組織和項目主管官員、部門，已經形成了一個利益一體的食物鏈，彼此都在各自的環節吞食著科研經費。靠山吃山、靠水吃水的規則之下，科研經費在自利與自肥之中消弭於無形。
科研經費腐敗不是某一個環節出了問題，“吃經費”已成為一種內生的潛規則，整個學術生態都發生了異化，從立項、審核、審批到經費撥付以及項目的驗收和監管等，每個環節都無一幸免。造假也能審批，不論証也可立項，未完成也可通過驗收，條件不夠也能獲得獎金，由此可見，那些實質性的把關程序，已淪為擺設。
制度性問題最終還得靠制度來解決，遏制科研經費腐敗關鍵在於要實施有效的制度設計。一是要有明確而具體的經費使用標准，對人員費用應有嚴格限制，防止科研經費成為隨意使用的“筐”﹔二是要實行分權，將監督、分配和使用三者進行分離，防止主管部門既當運動員，又當裁判員。同時，要建立起一套學術規范、規劃、責任、權力、財務管理制度，實現權責利的統一﹔三是要強化審計的把關作用，應當對從費用預算到事中事后都進行專題審計，並由審計部門對其結果負責﹔四是必須對腐敗行為進行嚴厲打擊，對於相關主管責任者要進行問責﹔五是必須建立公開透明的信息發布機制，接受媒體和公眾的監督，將科研經費“置於陽光下”。
從國外經驗來看，對科研經費有著明確定義和界定標准，實行嚴格的審批以及科學的論証，再輔以全過程化的審計把關，加上媒體介入和公眾監督，以及剛性的問責和查處，就有可能防止和遏制科研經費的腐敗。
