1939年，陳寅恪收到英國牛津大學漢學院教授聘書，決定去牛津大學講漢學。但走到香港后因歐戰爆發，地中海不通航而無奈返回西南聯大。1940年夏，聽說歐洲方面戰況好轉，陳寅恪一家再度啟程赴英國，但走到香港，被告知因時局關系需延期一年。此時，史語所已遷到四川李庄，傅斯年便致信陳寅恪，邀其到李庄史語所任職。但此時，陳寅恪一家已一貧如洗，連回川的路費都沒有了，便寫信向傅斯年求助。傅斯年接信后，便想方設法為陳寅恪籌集路費。多方奔走無果后，隻好與西南聯大的楊振聲協商，先從北大文科研究所借支 3000元，匯給陳寅恪。但款尚未匯到，日軍就攻陷了香港，陳寅恪一家由此陷入了絕境。直到1942年5月5日，全家才悄悄逃離香港，一路跋涉到了桂林。傅斯年去信邀請陳寅恪到四川李庄，出任當時設在李庄的史語所專任研究員。那時的陳寅恪，眼疾已經很嚴重了，而且此前經歷了一番離亂奔波，所以就以身體狀況不允許為由謝絕了。后來，陳寅恪轉入成都燕京大學任教，從此與李庄擦肩而過。
　　抗戰勝利后，傅斯年帶著史語所返回南京，而陳寅恪則重返清華大學執教。但沒過多久，解放戰爭爆發。在北平即將解放之前，國民黨政府制定了一個“搶救學人”計劃，將陳寅恪“搶救”到南京。但陳寅恪在南京隻住了一個晚上，就到上海了，隨后到廣州嶺南大學任教，留在了大陸。而傅斯年則帶著史語所去了台灣，成為台大校長。1950年12月20日，傅斯年在參加會議時突發腦溢血，倒在了講台上，搶救無效去世。得知消息的陳寅恪寫了一首詩來悼念傅斯年：“不生不死最堪傷，猶說扶餘海外王。同入興亡煩惱夢，霜紅一枕已滄桑。”1969年10月7日晨，陳寅恪被折磨至死，在淒風苦雨中溘然長逝。兩個曠世天才，因政治方面的因緣際會而遙天相望，一個長眠孤島，一個慘死於嶺南病榻，其人生際遇留給后人無盡的思索。