农民政治参与是农民实现政治权利的重要途径，但在基层乡镇治理中，主要有四个方面的因素制约了农民政治参与水平的提高，在一定程度上影响了农民政治权利的实现。
经济因素。马克思指出，“权利永远不能超出社会的经济结构以及由经济结构所制约的社会的文化的发展”。利益驱动是我国农民政治参与的主要动机，作为利益最主要表现形式的经济利益也成为影响和制约农民政治参与的最根本因素。调查表明，农村中先富起来的农民更愿意参与到村庄的治理中，而经济条件不好的农民则表示没有机会考虑政治参与问题。从我国农村发展的实际来看，整体经济水平不高，农村还有大量的贫困人口，农民缺乏政治参与的物质基础，正如格尔哈德·伦斯基所指出，“日常生活的压力……严重地限制了人口中绝大多数人的政治活动。虽然在革命时期,大多数人可能在短期内某一重要的领域中变得在政治上活跃。但由于必须要保证其生计,大多数人很快就离开了政治领域”。政治参与需要耗费农民大量的时间和精力，而其所获得的收益却是不明确的，当多数农民还在为生计而奔波的时候，他们没有更多闲暇和条件去进行政治参与。
制度因素。制度是农民政治参与的重要依托，邓小平指出，“制度是决定性因素”。制度的科学化水平、制度的完备程度是影响和制约农民政治参与的最基本要素之一。现阶段我国农民利益表达的渠道主要有基层选举制度、村民自治制度、信访制度和司法制度。农民政治参与的主要制度化形式有听证、质询、投票、选举、参加村民会议、听取及表决村委会工作报告等，但是这些制度在具体实施时，还存在不够细化，操作性不强等缺陷，与农村社会的深刻变迁之间不完全适应，表现为乡镇权力配置影响人大功能发挥、村民自治容易受到乡镇政府的干预、村民委员会的选举存在违规操作和信访工作被动。整体上农民政治参与的渠道比较狭窄，利益表达的制度化渠道不畅通，尚未形成健全的政治参与运行机制和程序，农民制度化参与效率低，在很多情况下流于形式，这是影响和制约农民政治参与问题的制度根源。
文化因素。文化是人类实践活动的结晶，文化的产生和发展与一个国家、民族的生存环境、生活方式以及民族习俗、信仰和观念具有密不可分的联系，文化一旦形成，又影响和制约着特定国家和民族的发展。列宁指出，“文盲是处在政治之外的，必须先教他们识字，不识字就不可能有政治，不识字只能有流言蜚语、传闻偏见，而没有政治”。整体来看，我国农村教育水平普遍不高，农民整体文化素质偏低，调查显示，70%以上的农民为高中及高中以下学历，其中约半数的农民为初中学历。在政治参与中，参与者的文化素质是制约政治参与的重要因素，在农村劳动力的流动和迁徙中，留守农村的主要是受教育程度不高，文化水平普遍偏低的老人、妇女和儿童，这大大制约了农民政治参与的程度。此外，中国不存在西方以个人主义为基础的价值观念，传统文化中也很难孕育出人权、自由、独立、民主等价值，权利意识的匮乏，臣民文化，中庸观念及明哲保身等传统政治文化影响下，农民长期以来对政治持消极态度，在乡土社会中长期形成的“差序格局”，是“一根根私人联系所构成的网络”，构成了当代农民政治参与的文化基础，间接地影响着农民的政治参与行为。
组织因素。组织就是由两个或两个以上的人组成的有特定目标和一定资源并保持某种权责结构的群体。在政治参与中，依托一定的组织，可以使政治参与更加规范化，起到凝聚利益、统一意识、增强信心的作用。我国农民自治组织的组织化程度历来比较低，就像马克思所指出的，“小农人数众多，他们的生活条件相同，但是彼此间并没有发生多种多样的关系……就像一袋马铃薯是由袋中的一个个马铃薯汇集而成的那样”。农民没有自己的特有组织，也少有正式的组织和团体为农民代言，尽管我国农村有了地区性、行业性或者专门性的农民协会或经济合作组织，但这些组织缺乏政治参与的表达功能，使农民缺乏真正的利益代言人，严重影响了农民政治参与方式的选择，降低了农民政治参与的质量。历史学者黄宗智指出，“某种程度上,农民家庭离群孤立, 一个个单独地站在国家权力机构面前”。农民利益代言正式组织的缺位导致农民的意见表达过于分散，政治参与目标诉求不清晰，难以形成有效的政治压力，缺乏影响力，导致农民政治参与的低效甚至无效，从而使农民转而诉诸于非制度化政治参与。
