1946年5月3日至1948年11月12日，远东国际军事法庭对日本二战首要战犯进行审判，将策划、准备、发动和指挥侵略战争者列为甲级战犯，是全世界50多个审判日本战犯法庭中唯一的A级审判。该审判因在东京举行，又称东京审判。
远东国际军事法庭的组成
1945年12月26日，苏、美、英三国外长发表《莫斯科会议公报》，授予远东盟军总司令麦克阿瑟审判日本战犯的权力。1946年1月19日，麦克阿瑟批准《远东国际军事法庭宪章》，并签署“设立远东国际军事法庭的特别通告”，远东国际军事法庭正式成立。
1946年2月，麦克阿瑟任命9个在日本投降书签字的国家（中、苏、美、英、法、荷、加拿大、澳、新西兰）各自推荐的人选为远东国际军事法庭法官，其中澳大利亚法官韦伯为庭长。4月26日，《远东国际军事法庭宪章》作出修改，使法官人数与远东委员会组成国数一致，增补了印度和菲律宾法官。上述11国还各派检察官1人，组成检察官委员会，美国律师季南任首席检察官。梅汝璈法官和向哲俊检察官作为中国代表参加了法庭。
审判过程及结果
1946年4月28日，远东国际军事法庭指定东条英机等28人为甲级战犯嫌疑人。29日，检察官委员会正式向法庭提出公诉，控告28名被告犯有破坏和平罪、杀人罪、战争罪和违反人道罪等三大类共55条罪状。东京审判前后历时2年7个月，开庭818次，出庭证人达419名，书面证人779名，受理证据4336件，对日本军国主义策划、准备、侵略中国等亚洲各国及发动太平洋战争的罪行进行了揭露。
1948年11月4日，东京审判宣布判决结果，判决书长达1213页，仅宣判就耗时七天。28名被告除永野修身和松冈洋右病死、大川周明因精神病被予以撤诉外，其余25人全部被判有罪。其中，东条英机、土肥原贤二、板垣征四郎等7人被判处死刑，平沼骐一郎、小矶国昭、梅津美治郎等16人被判处无期徒刑，东乡茂德和重光葵分别被判处20年和7年徒刑。1948年12月23日，东条英机等7人在东京巢鸭监狱被执行绞刑。
东京审判的意义
东京审判是国际社会对日本发动侵略战争责任和军国主义暴行进行的正义审判，同纽伦堡审判一样构成战后国际秩序政治基础的重要组成部分。
该审判堪称人类历史上规模最大的一次国际审判，揭露了日本法西斯的侵略罪行，严惩了军国主义头目，伸张了国际正义，对丰富和发展战后维护世界和平的国际法准则、构建战后国际秩序具有重要深远意义。
日本否定东京审判的言行
1951年9月8日，日本与美国缔结“旧金山和约”。和约第十一条明确规定：“日本接受远东国际军事法庭与其在日本境内或境外之盟国战罪法庭之审判，并将执行各该法庭所科予现被监禁于日本境内之日本国民之处刑”。这表明日本政府承诺接受东京审判结果，但日本右翼势力对此耿耿于怀，日本国内始终存在否定东京审判、妄图为侵略历史翻案的逆流，其荒谬论调主要有：
（一）“违反罪刑法定主义原则”说。称法庭适用的“反和平罪”、“反人道罪”等规定是以事后立法追溯判决前行为，违反了罪刑法定主义。印度法官帕尔的“日本无罪”即属此论，被日本右翼视为“有力佐证”。靖国神社专门为帕尔立了所谓“功德碑”。
（二）“战胜国审判”说。辩称当时日本无法主张本国正当权利，东京审判是战胜国凭借武力占领对战败国的单方面审判。
（三）“接受东京审判并不等于接受其所体现的历史观”。称根据国际法原则，交战国签署和约后，对战犯的审判将失效。日本在“旧金山和约”中承诺接受审判，只是为了使战犯得以继续服刑，不意味着接受审判所体现的历史观。
（四）“翻译错误”说。称“旧金山和约”日文版“日本接受审判”的表述系误译，按英文版“JUDGEMENT”的表述，应译为“判决”，因此日本在和约中承诺接受的不是审判本身，仅是针对甲级战犯的“判决结果”。
（五）“甲级战犯在日本国内无罪”。称甲级战犯在日本国内不是罪人，并已恢复名誉。
在日本右翼保守势力鼓动下，日本官方开始逐步为战犯“正名”，大体分为三个步骤：
一是赦免服刑中的战犯。1953年8月3日，日本众议院通过《对战争犯罪受刑者赦免的决议》，陆续释放了仍服刑的13名甲级战犯（其余5名监禁期间死于狱中），其中重光葵、贺屋兴宣出狱后还分别出任外务大臣和法务大臣。
二是给予因审判死亡的甲级战犯以“公务死亡”的抚恤待遇。1953年8月1日，日本国会修订《战伤病者战死者遗族援护法》，14名甲级战犯的遗族享受与一般战死者（法律上称为“公务死亡”）同等的抚恤待遇。
三是协助靖国神社对甲级战犯进行合祀。1966年2月，厚生省向靖国神社提供了包括14名甲级战犯在内的“祭神名票”，但由于皇室出身的靖国神社宫司筑波藤麿态度消极，以及其他原因，合祀甲级战犯事一直未能得逞。1978年10月，靖国神社宫司换届，新任宫司松平永芳当即将14名甲级战犯以“昭和殉难者”身份秘密合祀。松平后来接受采访时声称，合祀得到了日本政府的许可。
日本政府上述举动淡化和混淆了甲级战犯的战争责任，右翼势力为侵略历史翻案的嚣张气焰进一步加剧。此后，日本否认东京审判的消极声调不断提高，日本领导人甚至开始公开质疑东京审判的合法性。
1986年9月，首相中曾根康弘在自民党会议上称，“盟国根据自己创制的法律，在东京审判上将日本作为被告，以文明、人道和和平的名义对日本进行审判”，“这种审判方式到底是否正确，历史早晚将会作出定论”。
现任首相安倍晋三是右翼保守势力的领军人物，历史认识错误，在东京审判问题上消极言行不断。他在任自民党代理干事长时曾筹建“支持参拜靖国神社年轻议员之会”，声称要讨论东京审判的不正当性及对甲级战犯的错误判决等问题。2013年3月12日，安倍在国会称，东京审判是战胜方即同盟国作出的裁决，不是日本人自身作出的判决。同年4月，安倍又在国会称，侵略的定义在学术界和国际社会尚未确定。同年12月26日，安倍不顾国际社会的强烈反对，悍然参拜供奉有甲级战犯的靖国神社。安倍上述言行表明其否定东京审判、妄图为甲级战犯“正名”、为侵略历史翻案的用心，在日本国内外引发轩然大波，受到中、韩、美等国的强烈谴责。
